Nioh hat eine turbulente Entwicklungszeit hinter sich und wäre beinahe nicht mehr zustande gekommen. Im Jahre 2004 begann die Entwicklung des Titels bei Koei als JRPG und wurde erstmals auf der E3 2005 in Form eines Trailers vorgestellt. Während der Entwicklung wurden mehrere Konzepte entwickelt und wieder über Bord geworfen. Danach wurde es still um Nioh, erscheinen sollte es noch exklusiv auf der PS3. Koei Tecmo versicherte Fans alle paar Jahre, dass das Spiel noch immer in Entwicklung sei und 2015 wurden die Fans für ihre Geduld belohnt mit einer Neuankündigung des Spiels auf der Tokyo Game Show, diesmal sollte es ein Playstation 4 exklusiv sein. Die Mannen von Team Ninja, bekannt für ihre sehr beliebte Ninja Gaiden Reihe, übernahmen 2012 die Entwicklung des Titels und konnten diesen zum Glück erfolgreich veröffentlichen.
Wir erleben die Geschichte von William Adams, der sich Ende des 16. Jahrhunderts als Gefangener unter dem Tower von London befindet und von seinem Schutzgeist in die Freiheit geführt wird. Kurz bevor William die Flucht gelingt stellt sich ihm Derrick, der Henker des Towers in den Weg. William schafft es diesen zu besiegen, doch ein Alchemist namens Edward Kelly erscheint und setzt die Macht der Amrita Steine ein, um Derrick wiederzubeleben und in der Form eines abscheulichen Dämons auf William zu hetzen. William schafft es nur durch die Kraft seines Schutzgeistes Saoirse Derrick erneut zu besiegen. Edward Kelly nutzt seine Gelegenheit und beraubt William seines Schutzgeistes, umzingelt von den anrückenden Turmwachen bleibt William nur der Sprung in die Themse, um dem Tod zu entkommen. William reist auf dem holländischen Handelschiffs “Liefde” in ein fernes Land namens Japan, um Edward Kelly zu stellen und Saoirse zu retten.